HERRAMIENTAS PROTEÓMICAS Y BIOINFORMÁTICAS REVELAN LA COMPOSICIÓN ALERGÉNICA DEL POLEN DE PARKINSONIA MICROPHYLLA
PROTEOMICS AND BIOINFORMATICS TOOLS REVEAL ALLERGENIC COMPOSITION OF PARKINSONIA MICROPHYLLA POLLEN
Martha B. Morales-Amparano1, Daniela Álvarez-Campa2, Magdalena Hernández-Ortiz3, Sergio Encarnación-Guevara3, Luis M. Terán-Juárez4, José Á. Huerta-Ocampo1 (1) Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo A. C, Coordinación de Ciencia de los Alimentos, Carretera Gustavo Enrique Astiazarán Rosas #46, Sonora – México, (2) Universidad de Sonora, Licenciatura en Ciencias Genómicas, Avenida Luis Donaldo Colosio s/n, Edificio 7G, Sonora – México, (3) Universidad Nacional Autónoma de México, Centro de Ciencias Genómicas. Avenida Universidad s/n, Morelos – México, (4) Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias, Departamento de Investigación en Inmunogenética y Alergia. Calzada de Tlalpan 4502, Ciudad de México – México
Resumen
El Palo Verde (Parkinsonia microphylla) es un árbol desértico del noroeste de México y el suroeste de Estados Unidos, es polinizado por insectos y una causa de alergia debido a la gran cantidad de flores que son arrastradas por el viento. Hasta el momento, no se han identificado alérgenos del polen de Palo Verde. Para comprender la composición alergénica del polen de Palo Verde, se identificaron sus proteínas y se predijeron las alergénicas utilizando bioinformática. Setenta y nueve proteínas identificadas se clasificaron como alérgenos putativos. Un análisis más refinado permitió clasificar estas proteínas con base en su identidad con proteínas alergénicas reportadas por el Subcomité de Nomenclatura de Alérgenos de la OMS/IUIS. Estableciendo fuerte evidencia de alergenicidad en 15, débil en 21 y ninguna evidencia en 43 de estas proteínas. Las proteínas alergénicas putativas pueden contribuir al desarrollo de nuevas modalidades diagnósticas y terapéuticas para la alergia al polen de Palo Verde.
Abstract
Palo Verde (Parkinsonia microphylla) is a common tree in the deserts of northwestern Mexico and the southwestern United States. Although an insect pollenated tree, it can cause allergy because of the huge volume of flowers that fall to ground, dry, and then picked up by the wind. So far, Palo Verde pollen allergens have not been identified. To understand the allergenic composition of Palo Verde pollen, we identified pollen proteins and allergenic proteins were predicted using bioinformatics tools. Among 809 identified proteins, 79 were categorized as putative allergens. Additional software allowed classifying putative allergenic proteins based on their sequence identity with allergenic proteins from WHO/IUIS Allergen Nomenclature Sub-Committee database. Strong allergenicity evidence was established in 15 proteins, weak in 21 cases, and no evidence in 43 cases. Putative allergenic proteins may contribute to the development new diagnostic and therapeutic modalities in Palo Verde pollen allergy.
Palabras clave: alergia, leguminosas del desierto, palo verde, proteínas Keywords: allergy, desert legumes, palo verde, proteins